아주 오래 전부터 현재 약천사 자리에는 지역 사람들이 [돽새미(도약샘(道藥泉) → 돽샘 → 돽새미)] 라고 불리는 좋은 수질의 약수(藥水)가 흐르는 약수터가 있었다. 약수터 주변에는 맑은 물을 이용한 얼마간의 논이 있었고, 대부분은 밀감 밭이었다.

일부 사학자들은 고려말경부터 약천사가 있어왔다고 주장하면서 옛 문헌의 기록을 현재 자리에 위치한 약천사와 동일하다는 사실을 증명하기 위해 자료를 확보하고자 힘쓰고 있다. 통일신라 말에 인근에 융성하였던 법화사를 볼 때 물이 좋고 가까운 암자 형태의 사암정도는 존재 했을 수 있다고 추정을 하는데는 무리가 없는 듯하다. 다만 제주의 많은 사찰들과 마찬가지로 문헌적 기록 부재가 더없이 안타까운 일이다.
 
제주도의 많은 지명이 불교와 깊은 관계를 가지고 있다. 약천사가 소속된 서귀포(西歸浦)라는 지명은 아미타부처님께서 주관하고 계시는 서방정토(西方淨土) 극락세계(極樂世界)로 돌아가고자 하는(西方淨土 阿彌陀佛께 歸依한다) 불자들의 염원이 담겨진 지명이다.
혜인스님이 지금 모습의 약천사를 짓기 전에 약천사는 오랜 세월 명맥만 이어오는 조그만 초막이었다. 450평 남짓의 절터에 약수암이라 불리는 18평짜리 제주 전통 양식의 초가삼간이 전부였다. 현재는 모두 없어져 그 자리만 잔디를 심어 보존되고 있다.
본격적인 불사가 시작되고 그 후 절의 규모가 갖추어져서 이름을 약천사(藥泉寺-약수 샘이 있는 절)로 부르게 되었다. 불사가 마무리된 현재까지도 약수는 새로 조성한 연못으로 흘러내리고 있다.
 
1981년 혜인스님은 제주도에 국제적으로 내놓아도 손색이 없을 만한 대가람을 짓고자 터를 찾아다니던 중 이곳 약천사에 와서 한라산의 영봉이 보이고 앞으로는 한없이 넓은 바다가 펼쳐진 지금 이 자리를 대가람의 터로 잡았다.
혜인스님은 1943년 남제주군 화순에서 태어나 14세의 어린 나이에 발심 출가하여 해인사 일타큰스님의 맏상좌가 되어 가르침을 받으셨으며 전국 제방에서 참선, 기도 수행하시던 중 혜인스님은 제주도를 찾는 많은 관광객들과 제주불자님들이 넉넉히 수행 할 불자들에게 내놓고 자랑할 만한 사찰이 없음을 늘 아쉬워하였다.
스님이 처음 이곳에 왔을 당시에는 전화는 물론이거니와 전기도 들어오지 않았을 뿐만 아니라 진입로마저 마땅치 않았다.
처음 지금까지 우리나라에서 볼 수 없었던 웅장한 3층 구조의 대적광전 조감도를 그려 가지고 여러 사람들에게 조언을 구했는데 많은 사람들이 '그림은 누군들 그렇게 못 그리겠느냐'며 스님의 계획을 한낱 공상으로 치부하기가 일쑤였다. 그러나 스님은 자신이 하고자 하는 일이 불자로서 마땅히 해야 한다는 원력을 다지면서 반드시 관세음보살의 가피가 함께하리라고 굳게 믿었다. 인근의 주민들과 불자들도 혜인스님께서 법문 하시는 것을 직접 듣고 모두 신심을 일으켜 자신의 일같이 기뻐하며 물심양면으로 불사에 도움을 주기 시작했다. 스님은 전국을 다니시며 사찰 건립의 원력을 전하였고, 많은 불자들이 동참하여 보시하기 시작했다.
초창기 사찰 조성을 위한 자금은 주로 혜인스님께서 직접 전국을 다니시며 법문하고 받은 법사비까지 아껴 모아 주변 토지를 사들여 사찰 부지를 확보하기 시작하였다.
 
1988년 2월 토지가 어느 정도 확보되자 큰 법당을 제주에 있는 (주)정한건설에 맡겨 착공하기에 이르렀다. 큰 법당의 기본 구조는 금산사의 미륵전과 같은 외부 3층 구조의 양식을 취하고 화엄사 각황전의 웅장한 구조미를 모본으로 하여 스님께서 직접 설계의 초안을 잡으셨다.
큰법당을 착공한 1988년에 지역주민들이 즐겨 찾는 신앙의 대상인 나반존자를 모신 삼성각을 짓고 그 앞에 종각체도 지었다.
큰법당 착공을 시작으로 약천사 건립불사가 본격적으로 시작되자 초가로 된 법당과 슬레트로 지어진 후원체 만으로는 참배 오는 많은 신도들과 스님을 감당하기 힘들어 1991년 상별당을 지었다.
 
1991년 음력 9월 보름 동양최대 규모의 웅장한 골조가 완성되어 지상 29.5m 높이의 외부 3층, 내부 4층 구조의 1,023평 넓이의 큰법당이 모습을 드러내었다. 이날 은사이신 일타큰스님께서 직접 상량문을 쓰시고 상량법회를 가졌다.
일단의 공사가 진행되어 웅장한 골조가 모습을 드러내자 많은 불자들의 발길이 잦아지기 시작했다. 특히 육지에서 오는 참배객들이 부쩍 늘어났다.
 
1992년 봄 현재 회주실로 사용 중인 건물과 그 아래에 자모당을 지어 평소 스님께서 즐겨 법문 하셨던 부모은중경의 내용과 같이 나이든 보살들과 노모를 봉양하게 되었다.
1992년 가을부터 큰법당 내부의 단청이 시작되었다. 단일 건물로서 가장 큰 규모의 단청불사는 단청기술자 <전창우>씨가 맡아서 하게 되었다. 내부단청을 마치고 이어 외부단청까지 진행되었다.
 
1993년 음력 3월 15일 해인사 팔만대장경 정대불사에 때를 맞추어 도내의 무의탁 노인들과 인근 마을 노인들을 모시고 제1회 경로잔치를 개최하였다. 이후 해마다 경로잔치를 개최하고 있다.
   
  1993년 음력 9월 15일 큰법당에 비로자나부처님의 봉안하고 봉불식을 거행하였다. 약천사에 모신 비로자나불상은 백두산에서 구해온 나무로 조성하였으며, 불상의 크기는 16尺(480cm)으로서 목불 좌상으로서는 국내에서 가장 큰 부처님이시다. 좌대까지 합친 높이는 680cm이다. 단일 불상으로서는 매우 큰 불상이지만 큰법당의 넓고 높은 규모와 조화를 잘 맞추었다.
 
1996년 음력 9월 15일 <대웅전 낙성대법회 및 나한전 상량식>를 가졌다. 이로서 약천사 큰법당은 공사 착공으로부터 8년 6개월 만에 건축뿐만 아니라 단청, 봉안된 부처님의 개금, 봉안된 보살님, 그리고 목조 탱화의 개채까지 끝나서 그 웅장한 자태를 천하에 드러내게 되었다.
낙성식 대법회에는 큰법당뿐만 아니라 법당 지하에서 내부 통로로 연결된 820평(2,707.71㎡)의 요사채와 요사채 좌우에 3층 누각 형태로 된 북각과 종각도 완성되었으며, 법고와 범종을 걸고 타종식도 함께 가졌다.
이날 큰법당 및 요사채 일괄 건물의 회향과 더불어 새로 지은 나한전의 상량식도 함께 가졌다. 이로서 약천사 대작불사는 일단계 완성을 보게 되었다. 그간의 약천사 불사는 직접 와서 봉사를 아끼지 않으신 인근 주민들과 도내의 많은 불자님들의 동참이 있어 가능했다. 또 육지 신도들의 많은 보시금이 제주로 들어오는 계기가 되었다. 또한 재일 교포를 중심으로 한 일본불자들의 동참금도 적지 않게 유입되어 완성을 보게 되었다.
 
1997년 초파일 그 동안 약천사 주지로 계시면서 직접 불사를 주관하여 오신 혜인스님은 약천사 회주로 추대 되셨고, 주지직을 덕조스님에게 위임하였다.
 
1998년 10월 9일 큰법당 및 요사채, 그리고 별도의 건물인 나한전을 서귀포 시청으로부터 건축허가를 받아 합법적인 종교 시설물이 되었다.
   
  1998년 11월 25-26일 양일에 걸친 <종단등록 기념 대법회>를 개최하면서 일괄된 약천사의 토지와 건축물을 창건주 혜인스님이 소속되어 있는 [대한불교 조계종 제 10교구 본사 은해사]를 본사로 종단에 등록할 것을 많은 사부대중에게 약속하여 명실 공히 조계종단 소속의 공찰로서 위치를 확고히 하였다.
약천사를 조계종단에 등록한 것은 혜인스님께서 그동안 여러 차례 대중들에게 약속한 것과 같이 조계종 승려인 자신을 믿고 불사에 동참하여 준 많은 신도들과의 약속을 지켰을 뿐만 아니라 개인 명의로 된 약천사의 토지와 건물을 대한불교 조계종 약천사로 명의 이전함으로서 영원히 삼보의 재산으로 이 시대 문화유산으로 남게 되었다. 승려로서 혜인스님은 많은 승려에게 불문율같이 여겨지는 무소유의 삶을 실천하였다는데 의미가 있다.
이날 종단등록 기념 대법회과 함께 신임 주지 성공스님의 주지 진산식도 거행되었다. 성공스님은 포교 활동에 큰 열의를 가지고 활동하여 그동안의 외형불사에 치중해 왔던 약천사의 위상을 사회적으로 널리 선양하였다. 이때부터 약천사는 불자들의 신앙생활에 큰 도움을 줄 수 있는 견실한 활동의 장이 되게 되었다.
 

1999년 3월 주지 성공스님은 약천사에 문화원을 개설하여 문화 활동의 일원으로 약천사 다도교실을 열어 그때까지 다도활동이 활성화 되지 않았던 제주도에 다도붐을 조성했을 뿐만 아니라 이후 약천사 다도교실은 수많은 다도사범을 배출하였고, 지금까지 제주에 다도를 통한 우리문화 선양운동의 중심적 역할을 하게 되었다.
   
  1999년 6월 1일 그동안 준비한 종단 등록 서류 작업을 마무리하고 약천사의 명의와 재산을 조계종단에 정식 등록하고, 종단으로부터 등록증을 받게 되었다. (대한불교 조계종 등록번호 99-157)
 
2000년 10월 제주도내 1,200분의 어르신들을 모시고, 제 7회 경로 대찬치 및 동별 노래자랑을 치렀다.
 
  2000년 10월 16일 [제7회 경로잔치 및 동별 노래자랑]를 열었다. 이날 경로잔치에 1,200명의 제주도내 어르신들이 오셔서 약천사에서 제공하는 점심공양과 동별 노래자랑으로 즐거운 시간을 가졌다.
 
2001년 10월 30일 그동안 소리가 맑지 못하여 아쉬움이 많았던, 범종을 수많은 불자님들이 동참해주셔서, 무게는 기존 범종과 동일하지만 구조와 문양을 다시 설계하고, 재주조하여 타종식을 가졌다. 현재 맑고 아름다운 약천사 범종의 음색은 지역의 새로운 자랑거리가 되었다.
   
  2001년 10월 30일-31일 오백나한 봉안식 및 국제가사불사 회향대법회를 가졌다. 특히 이 행사에는 티벳, 일본, 미얀마 등 각국의 여러 고승들과 외국 불자님들도 함께 동참하였다. 이로서 약천사는 비로자나부처님을 모신 큰법당, 약사여래불을 모신 굴법당, 삼성각과 더불어 500나한을 모신 나한전을 갖추게 되었다.
오백나한 봉안식에 앞서 나한전 아래 전시관에서 한국을 대표한 선재스님 및 외국 불자님들이 준비한 국제사찰음식 교류전을 가졌다. 이 행사는 국내에서 처음 열리는 행사로 각계 많은 관심을 일으켰다.
 
2002년 5월 월드컵전후 템플스테이를 운영하여 수많은 외국인들이 참가하였다.
   
  2002년 11월 12일 약천사 주지 이·취임식 및 제8회 경로대찬치를 하기에 이르렀다. 그동안 문화 활동을 중심으로 불교홍포, 지역문화향상, 사회적으로 약천사 역량에 배가하는 데 노력 해 오신 성공스님의 주지 임기가 만료되어, 혜인 큰스님의 맏상좌이시며, 그동안 제방에서 기도와 수행에 전념하셨던 원조(圓照)스님께서 새 주지로 취임하게 되었다.
 
2003년 5월 13일 한·일 불교문화교류대회가 약천사 회주 혜인큰스님의 대회사를 시작으로 조계종 총무원장 법장스님을 비롯한 100명의 한국측 스님과 미야바야시쇼겐스님을 비롯한 일본측 스님 300명이 참석해 <공생-대승불교의 생명관>이라는 주제로 성대하게 치러졌다.
   
  2003년 7월 약천사문화원에 서각교실을 개설하였다.
 
2004년 9월 4일 제7차 전국 불교산악인대회가 “조국통일기원 한라에서 백두까지”라는 슬로건으로 대한불교조계종 포교원장 도영큰스님을 비롯한 1500여명의 사부대중이 참석한 가운데 성대하게 치러졌다.
 
2005년 6월 13일 ‘아나율봉사단’을 창단하였다. 지역사회와 소외된 이웃들에게 부처님의 동체대비사상을 실천하고 있다. 당해연도 제주도자원봉사자대회에서 도지사표창을 수상했으며 종단에서 실시한 사찰자원봉사교육을 수료하고 ‘자원봉사 실천도량’으로 지정됐다.
   
  2005년 11월 9일 목어와 운판을 조성하여 명실상부한 불전사물이 갖추어졌다. 아울러 법고루의 법고가 훼손되어 새로운 법고를 조성하였다.
 
2006년 1월 9일 종단으로부터 템플스테이 운영사찰로 지정되어 현재까지 내외국인들에게 불교문화 체험의 기회를 제공하고 제주의 전통문화를 소개하는데 일익을 담당하고 있다.
   
  2006년 4월 20일 약천사 목조비로자나불상 목각탱화가 서귀포시 지정향토유형유산 제5호로 지정되었다.
-. 명 칭 : 약천사 목조비로자나불상 목각탱화
-. 유 형 : 서귀포시 지정향토유형유산 제 5호
-. 수 량 : 목조불상 1기ㆍ목각탱화 4기
-. 위 치 : 서귀포시 대포동 1165번지 외
-. 지정일 : 2006. 4. 20
   
  2006년 11월 5일 약천사 낙성 10주년 기념대법회가 성대하게 치러졌다. 아울러 제5대 약천사주지진산식(고봉스님) 및 제9회 경로대잔치가 거행되었다. 그동안 약천사를 단순한 관광사찰이 아닌 수행과 포교가 어우러지는 내실 있는 사찰로 가꾸기 위해 노력한 원조스님의 주지임기가 만료되어, 20년이 넘는 세월을 묵묵히 수행하며 약천사의 발전에 기여했던 고봉(古奉)스님이 새 주지로 취임하게 되었다.
 
2007년 1월 문화관광부지정 전통사찰로 되었다.
"약천사는 동양 최대의 3층 대적광전이 건립돼 있고 금당 내의 목조비로자나불상을 비롯한 후불목각탱화 등 건조물이 뛰어난 작품성을 보이고 이에 따라 매년 많은 참배객이 찾고 있어 보존 가치가 인정된다”고 밝히고 이에 ‘전통사찰’로 지정하였다.
 
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